Berawal dari dua saudara kembar Mio dan Mayu Amakura yang berkunjung ke tempat dimana mereka sering bermain waktu kecil, yang kini sudah menjadi sebuah bendungan air. Ketika Mayu, yang berjalan pincang karena sebuah kecelakaan waktu kecil, mengikuti kupu-kupu merah menyala yang misterius hingga ke dalam hutan, Mio akhirnya mengikuti Mayu dan malah tersesat menuju sebuah perumahan yang di kelilingi banyak kabut. Meski perumahan itu telah ditinggalkan, si kembar segera menyadari bahwa ada jiwa-jiwa orang yang telah mati berkeliaran.
Mayu akhirnya malah terpengaruh mantra desa tersebut dan terus mengikuti kupu-kupu tersebut. Kupu-kupu tersebut mengajaknya masuk lebih dalam ke desa itu. Setelah Mio mengejar Mayu, dia perlahan-lahan belajar tentang Crimson Butterfly Sacrifice, Upacara gagal yang menyebabkan desa ini diselimuti kegelapan. Di bawah desa tersebut ada terowongan yang menghubungkan kita ke Hellysh Abbys, tempat jiwa orang-orang yang telah mati di segel. Maka, agar menjaga segel itu tetap tertutup, sepasang anak kembar yang lahir di desa tersebut harus mengikuti ritual yang di adakan satu dekade sekali. Yae dan Sae Kurosawa adalah kembar terakhir yang menjalani ritual ini. Namun naas, ritual tersebut gagal dan malah membuat segel hellish abbys terbuka dan menyebabkan seluruh jiwa-jiwa bergentayangan, termasuk Yae dan Sae itu sendiri.
Mio akhirnya terus mencari jalan keluar, karena saat mereka masuk ke desa ini, sulit untuk mereka bisa kembali lagi.
Dari semua serial atau sequel Fatal Frame, Fatal Frame II ini sepertinya memang serial terbaik dari segi horor, storyline, gameplay dan gambarnya. Fatal Frame II ini juga masuk dalam daftar "Top Ten Scariest Games" in 2006 versi Game trailers di urutan ke 2 dan "Top Ten Scariest Games of All Time" versi Game Informer di urutan pertama. Apalagi versi Remake-nya bakalan segera rilis tahun 2011 ini!
